Instytut Morski jest jednostką naukowo-badawczą, związaną w zakresie swoich kompetencji z gospodarką morską. Wykonuje prace naukowo-badawcze i wdrożeniowe, opracowuje studia i ekspertyzy oraz udziela konsultacji i doradztwa w zakresie:
- gospodarki transportowej, ekonomiki i prawa morskiego
- modernizacji i eksploatacji portów
- hydrotechniki morskiej
- geotechniki
- oceanografii operacyjnej
- monitoringu Południowego Bałtyku i zapobiegania zagrożeniom
- gospodarki wodnej i inżynierii morskiej
- ochrony i kształtowania środowiska
- ekologii morza
- zagospodarowania regionu nadmorskiego
- tworzenia baz danych i monitoringu zjawisk ciągłych
- nowych technologii i gospodarki elektronicznej